Prvá diaspora Apoštolskej cirkvi v Michalovciach sa skladala z rodiny Vierky Majdišovej z Michaloviec, z rodiny Lacka a Irenky Puskajlerových z Hatalova a manželov Jara a Valiky Tirpakových z Michaloviec. Tieto rodiny nepravidelne navštevovali bohoslužby Apoštolskej cirkvi v Košiciach.
V roku 2004 sa k nim pridali ďalší jednotlivci a v Michalovciach sa sformovala kazateľská stanica zboru Apoštolskej cirkvi Košice,ktorú viedol pastor Peter Liba. Pravidelne sa veriaci začali stretávať každú stredu, neskôr to bola sobota v centre mesta v galérii Zemplínskeho osvetového strediska na ulici Gorkého 1 v Michalovciach.
V roku 2007 začali pravidelné nedeľné bohoslužby v triede budovy pedagogického pracoviska EU Podnikovohospodárskej fakulty na ulici Masarykovej č.9 v Michalovciach. Dňa 25.októbra 2009 vzniká na území mesta Michalovce cirkevný zbor Apoštolskej cirkvi a za pastora bol ustanovený Štefan Handzok z Košíc. Cirkevný zbor mal 17 členov.
Do cirkvi začali prichádzať Rómovia a bohoslužby v škole sa presunuli z triedy do auly. Začala sa misijná práca s Rómami v Iňačovciach. V roku 2014 sa začali misijné výjazdy do rómskej osady v Sobranciach. Cirkevný zbor založil dva cirkevné rómske zbory a to dňa 23.októbra 2018 zbor Apoštolskej cirkvi Devleskeri Khangeri v Michalovciach s pastorom Stanislavom Tolvajom zo Senného.
O rok neskôr 17.októbra 2019 zbor Apoštolskej cirkvi v Pavlovciach nad Uhom s pastorom Marekom Gombárom z Pavloviec nad Uhom.
V roku 2018 po vzniku dvoch zborov v meste sa materský cirkevný zbor s pastorom Štefanom Handzokom začal stretávať na novom mieste. Bohoslužby sa konali v centre mesta v Dome služieb na Námestí osloboditeľov č.82 v Michalovciach.
V súčasnosti sa na tomto mieste stretáva na nedeľných bohoslužbách 60 ľudí.